Đức Tông Sư Minh Trí có tục danh là Nguyễn Văn Bồng, sinh năm Bính Tuất tại xã Tân Mỹ (Rạch Dông), tỉnh Sa Đéc (nay thuộc xã Tân Mỹ, huyện Lấp Vò, tỉnh Đồng Tháp).[3].
Cha mẹ ông mất sớm, ông là con thứ bảy trong gia đình, được người chị nuôi dưỡng và cho học chữ Nho và nghiên cứu các bài thuốc chữa bệnh cứu người.